Pertimbangannya tetap adanya keterkaitan antara Taman Pintar dengan fungsi dan kegiatan bangunan yang ada di sekitarnya, seperti Taman Budaya, Benteng Vredeburg, Societiet Militer dan Gedung Agung.
Relokasi area mulai dilakukan pada tahun 2004.
Kemudian dilanjutkan dengan pembangunan Tahap I yakni Playground, Gedung PAUD Barat serta PAUD Timur.
Pembangunan tahap I diresmikan dalam Soft Opening I tanggal 20 Mei 2006 oleh Mendiknas, Bambang Soedibyo.
Kemudan pembangunan Tahap II adalah Gedung Oval lantai I dan II serta Gedung Kotak lantai I.
Pembangunan tahap II diresmikan dalam Soft Opening II tanggal 9 Juni 2007 oleh Mendiknas, Bambang Soedibyo, bersama Menristek, Kusmayanto Kadiman, serta dihadiri oleh Gubernur DIY, Sri Sultan Hamengku Buwono X.
Pembangunan Tahap III adalah Gedung Kotak lantai II dan III, Tapak Presiden dan Gedung Memorabilia.
Grand Opening Taman Pintar dilaksanakan pada tanggal 16 Desember 2008 yang diresmikan oleh Presiden RI Ke-6, Susilo Bambang Yudhoyono.
Tujuan Taman Pintar
- Menyediakan sarana pembelajaran sains bagi siswa yang mendukung kurikulum pendidikan.
- Memotivasi anak dan generasi muda untuk mencintai sains
- Membantu guru dalam mengembangkan pengajaran di bidang sains